¿Qué ventajas tiene Linux sobre Windows?
-Es más seguro
Ya que la gran mayoría de los ataques de hackers son dirigidos a servidores Windows al igual que los virus los cuales se enfocan principalmente a servidores con éste sistema operativo.
La plataforma Linux es más robusta lo cual hace más difícil que algún intruso pueda violar el sistema de seguridad de Linux.
-Es más rápido
Al tener una plataforma más estable, ésto favorece el desempeño de aplicaciones de todo tipo tales como: bases de datos, aplicaciones XML, multimedia, etc.
La eficiencia de su código fuente hace que la velocidad de las aplicaciones Linux sean superiores a las que corren sobre Windows lo cual se traduce en velocidad de su página.
-Es más económico
Ya que requieren menor mantenimiento. En servidores windows es más costoso debido a que es necesaria una frecuente atención y monitoreo contra ataques de virus, hackers y errores de código, instalación y actualización de parches y service packs.
El software Linux así como también un sin número de aplicaciones son de código abierto (gratuitos).
No requieren supervisión tan estrecha ni pagos de pólizas de mantenimiento necesarias para obtener los Service Packs.

¿Qué ventajas tiene Windows sobre Linux?
-Es más fácil
Al ser de mayor facilidad de uso Windows en este momento continúa siendo el sistema operativo más comercial lo cual se refleja en la disponibilidad de aplicaciones, facilidad de mantenimiento así como soporte en el desarrollo de nuevas aplicaciones, puntos que pueden ser cruciales en la elección de servidores que corren aplicaciones web.
-Aplicaciones desarrolladas en menor tiempo
Fruto de la inversión realizada por Microsoft y aunado a una comunidad de programadores cada vez más grande se ha logrado facilitar el desarrollo de aplicaciones y sistemas que corran sobre servidores Windows lo cual se ve reflejado en tiempos de desarrollo menores.
La curva de aprendizaje en el sistema Windows es mucho menor.

Ventajas e inconvenientes de Linux
Hay 3 ventajas fundamentales de Linux que juntas le dan una gran consideración:
Linux es muy robusto, estable y rápido: Ideal para servidores y aplicaciones distribuidas. A esto se añade que puede funcionar en máquinas humildes: Linux puede correr servicios en un x86 a 200 MHz con calidad
Linux es libre: Esto implica no sólo la gratuidad del software, sino también que Linux es modificable y que Linux tiene una gran cantidad de aplicaciones libres en Internet. Todo ello arropado por la inmensa documentación de Linux que puede encontrarse en la Red
Linux ya no está restringido a personas con grandes conocimientos de informática: Los desarrolladores de Linux han hecho un gran esfuerzo por dotar al sistema de asistentes de configuración y ayuda, además de un sistema gráfico muy potente.Distribuciones Linux como Red Hat/Fedora tienen aplicaciones de configuración similares a las de Windows
Los inconvenientes de Linux más importantes pueden ser:
Windows es incompatible con Linux: Este punto es difícil de explicar: no quiere decir que no podamos tener instalados ambos Sistemas (que es relativamente fácil de hacer)
Uno de los problemas es que desde Windows no podremos escribir en particiones Linux o que desde Linux no podremos escribir (en sentido amplio) en particiones NTFS (Windows XP, 2000...) aunque esto último se está investigando
En la mayoría de distribuciones Linux hay que conocer nuestro Hardware a la hora de instalar
Sin embargo, distribuciones de Linux como Knoppix reconocen todo el sistema a lo Windows
No sólo eso, en este sentido se está trabajando mucho por hacer esta tarea simple
Razones para usar Linux:
Linux es uno de los sistemas operativos más robustos, estables y rápidos
Es austero: Linux funciona hasta en un 386
El manejo de la memoria de Linux evita que los errores de las aplicaciones detengan el núcleo de Linux
Linux es multitarea y multiusuario: Esta característica imprescindible está en Unix desde su concepción pero le llevó a Microsoft más de 20 años ofrecerlo en su sistema operativo de consumo
Linux soporta gran variedad de entornos gráficos (KDE, GNOME, XFCE...)
Hay miles de programas libres para Linux, adaptados a muy diversos propósitos y disponibles en internet para usarlos con GNU/Linux
Linux permite navegar por Internet y conectar máquinas en red de manera natural (los protocolos TCP/IP ó PPP por ejemplo, están incluidos como un módulo del básico del núcleo)
Casi cualquier aplicación Unix puede usarse bajo Linux
Para Linux existe gran cantidad de documentación libre, aunque no siempre está traducida
Las libertades de copia y modificación permiten usar GNU/Linux para facilitar servicios sin depender de terceros
Al poder descargarse Linux de internet, el precio de las distribuciones debe mantenerse competitivo con el hágalo Vd. mismo y por lo tanto resulta un precio justo Pero no solamente el precio de adquisición de Linux es menor, el de implantación (debido a la posibilidad de emplearlo en tantas máquinas como se desee) también lo es, así como el Coste Total de Propiedad de Linux